El guitarrista, líder y principal compositor de Soda Stereo tuvo algunos proyectos independientes en forma simultánea a Soda, hasta luego iniciar una carrera 100% solista en 1999. La primera experiencia -sin contar el trabajo junto a Daniel Melero en Colores santos- fue en 1993, con Amor amarillo, compuesto en forma casi casera, equilibrando el sonido acústico con la electrónica, con temas como el hit "Te llevo para que me lleves" y el cover de "Bajan", de Spinetta. No se presentó en vivo, salvo un concierto en una radio FM y unas canciones en televisión, ya que enseguida retomó la actividad con su grupo.

Otra veta paralela a Soda fue su conjunto de música tecno llamado Plan V, con los chilenos Andrés Bucci, Guillermo Ugarte, y Christian Powditch, que sacó dos discos, en 1996 y 1998.

Tras la despedida de Soda Stereo en 1997, la carrera solista de Cerati debutó formalmente con Bocanada, grabado en Argentina y en los famosos estudios Abbey Road, de Londres. Armó una banda con músicos como Flavio Etcheto en teclados, Leo García en coros y voz, Fernando Nalé en bajo, y Martín Carrizo en batería, y salió de gira.

El camino hacia su segundo trabajo  solista fue interrumpido por dos proyectos. Primero, la banda de sonido de la película + Bien, para la que el director Eduardo Capilla lo había convocado como actor, y luego la grabación de un concierto especial para televisión, junto a una orquesta sinfónica, proyecto que quedó registrado en 11 episodios sinfónicos.

El sucesor de Bocanada, entonces, recién apareció en el 2002: Siempre es hoy, un trabajo extenso, que contó con invitados como Charly García y Domingo Cura. La banda en vivo incluyó ahora a Leandro Fresco (teclados y coros), Pedro Moscuzza (batería) y DJ Zucker (scratches y loops). Al año siguiente editó un álbum de reversiones, con remixes a cargo de varios DJs y artistas, por ejemplo Capri, Emisor, Miranda, Leo García, Kinky, Canu y Bostich. Finalmente, en el 2004 sacó un compilado de temas de su carrera solista, y no detuvo su actividad en vivo por toda Hispanoamérica.

En 2005, Gustavo Cerati se instalío en los estudios Unísono, de su propiedad, para comenzar a darle forma a Ahí vamos, un nuevo álbum que lo devuelve al sonido de las guitarras. Para eso convocó a algunos viejos colaboradores como Richard Coleman y Tweety González. El álbum se edita en abril de 2006.

El 1o. de septiembre de 2009 aparece el esperado Fuerza natural.