Brian Warner nació en Canton, Ohio. A los dieciocho años se mudó junto a su familia a Florida en donde trabajó como periodista de música. Allí conoció a Scott Mitchell y ambos decidieron formar una banda. Mitchell cambió su nombre por el de Daisy Berkowitz y Warner se rebautizó como Marilyn Manson (Marilyn en honor a Marylin Monroe y Manson por el célebre asesino Charles Manson). Se sumaron a la formacion el bajista Gidget Gein y el tecladista Madonna Wayne-Gacy y la banda - que en sus comienzos se llamó Marilyn Manson and the Spooky Kids - empezó a grabar algunas canciones y a tocar en vivo.

Sus shows se hicieron famosos prontamente por el estilo gótico, el extravagante maquillaje y los efectos especiales caseros. Las controvertidas letras de Manson, que hablaban de religión y drogas de un modo muy personal, le asegurarían un lugar importante (no demasiado privilegiado) en los medios.

En 1992 su popularidad había crecido en Florida gracias a sus conciertos y al poco tiempo Trent Reznor, líder de Nine Inch Nails, le ofreció al grupo un contrato con su sello Nothing Records y un lugar como banda soporte en la gira de NIN. En 1994 salió su debut, Portrait Of An American Family para el tiempo que Twiggy Ramirez reemplazaba a Gein en el bajo.

La fama de Marilyn Manson iba en aumento volviéndose una banda de culto para adolescentes. En 1995 con el lanzamiento de su EP Smells Like Children -que contenía el cover de Eurythmics "Sweet Dreams"-, el grupo trascendió las fronteras de su país para pasar a ser internacionalmente conocido. La masividad llegó con el polémico Antichrist Superstar (1996), disco que se ubicó en el tercer lugar de los charts y que despertó la ira de los sectores más conservadores de la Iglesia y la política por su contenido "ideológicamente incorrecto". Marilyn Manson fue atacado por los cuatro costados y tuvo que suspender algunos shows en diferentes ciudades de Estados Unidos.

Mechanical Animals (1998) con fuertes influencias glam embarcó a Marilyn Manson en su primer gira mundial, The Last Tour On Earth. Para entonces, el grupo volvió a encontrase en el ojo de la tormenta ya que los alumnos que desataron la masacre en un colegio en Columbine (que cobró más de una docena de vidas) eran expresos fanáticos de Manson. El sucesor de Mechanical Animals fue Holy Wood (In the Shadow of the Valley of Death) que salió en el 2000.

Tres años después la banda editó The Golden Age Of Grotesque que recibió excelentes críticas y estuvo una semana en el primer puesto del ranking. En el 2004 salió al mercado un compilado de sus temas más conocidos, Lest We Forget,  que incluye un cover de "Personal Jesús" de Depeche Mode. Regresaron en el 2007 con Eat me, drink me con el rock morboso y sádico a flor de piel.

Tras la vuelta de Twiggy Ramirez, Manson empezó a delinear junto al bajista recién retornado su séptimo álbum de estudio que vería la luz en el 2009 bajo el título de The High End of Low.